#!/bin/bash -e

function info() {
echo Usage: `basename $0` '[-s seed -r repeat -o origin_p ] bed.prefix labels'
exit 1
}

while getopts  ":p:f:i:d:s:r:o:" opt; do
	case  $opt  in
		p) out_prefix=$OPTARG;;
		f) suffix=$OPTARG;;
        i) bed=$OPTARG;;
        d) depth_filter=$OPTARG;;
        s) seed=$OPTARG;;
        r) repeat=$OPTARG;;
        o) p_file=$OPTARG; p_opt=-P;;
		*) info;;
	esac
done
shift $(($OPTIND - 1))


if [ $# -lt 1 ]; then info; fi

. $var

seed=${seed:=43}
repeat=${repeat:=1}



num_thread=8

# cut -d' ' -f1 $1.fam > $out_prefix.sample.list

echo admixture
# for k in `seq 3 15`; do
    # admixture -j$num_thread $1.bed $k > $out_prefix.$k.log
    # sed -i 's/ /\t/g' $out_prefix.$k.Q
    # paste $out_prefix.sample.list $out_prefix.$k.Q > $out_prefix.$k.q
    
    # q_bar1.py -p$out_prefix.$k $out_prefix.$k.q $2
    # q_bar.py -p$out_prefix.$k $out_prefix.$k.q $2
    
# done

cut -f1 $1.fam |cut -f1 -d' '> $out_prefix.sample.list
k=11
if test -n $p_file; then
    ln -sf $p_file $1.$k.P.in
fi

for i in `seq $repeat`; do
    echo $i
    admixture --seed=$seed -j$num_thread $p_opt $1.bed $k > $out_prefix.$k.$i.log
    mv $1.$k.P $out_prefix.$k.$i.P
    mv $1.$k.Q $out_prefix.$k.$i.Q
    sed -i 's/ /\t/g' $out_prefix.$k.$i.Q
    paste $out_prefix.sample.list $out_prefix.$k.$i.Q > $out_prefix.$k.$i.q
    
    # q_bar1.py -p$out_prefix.$k.$i $out_prefix.$k.$i.q $2
    # q_bar.py -p$out_prefix.$k.$i $out_prefix.$k.$i.q $2
done

. $cmd_done